1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。　　另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制...

　　富有的搜猎人辉域，赞助一队考察团到佛罗里达州的南部森林，寻找一个神秘的印第安部落（加路沙）。当考察团重踏一个前考察队所住的营地时，目睹惨状的他们陷入了恐慌之中。当大家正为自己的安全而担忧时，他们发掘，一直被蒙在鼓里，原来辉域到来的主要目的，并不是寻找（加路沙）而是寻觅传说中能令人长生不老的泉水，与此同时，在森林的深处，亦隐藏着一双双凶狠的眼神在等待他们……..查理兹·塞隆...

　　1992年，日政府在关西的筑波建立国际哥斯拉对策中心。世界科技精英共聚一堂，合力研究一部G超武器—机械哥斯拉。以大前博士为首的考察团到达亚度诺亚岛时，发掘了一只完整无缺的蛋。当团员把蛋带回京都时飞翼龙拿顿出现并攻击考察团一行人。这时哥斯拉亦在亚度诺亚岛出现，两只怪兽由海上战斗到陆上…妮可·基德曼...