行驶于太平洋上的运输船海龙丸遭遇奇怪的环礁，保险公司的草薙直哉（小野寺昭 饰）和海上保安厅的米森良成（伊原剛志 饰）奉命前去调查。他们在环礁上发掘了神秘的碑文和饰品，不久，环礁发生剧烈抖动，俄而竟化作一只巨龟，互相飞向空中。另一方面，位于九州的姫神岛屿大陆失去联系。鸟类学家长峰真弓（中山忍 饰）与刑警大迫力（螢雪次朗 饰）前去寻找失踪的平田教授，却在当地遭遇三只以人类为食的巨型怪鸟。在内阁的授...

　　卡美拉与卡欧斯决战后的冬天，北海道降下流星雨，其中一颗坠落在支笏湖南西方约一公里处，陆上自卫队第11师团随即派出化学防护小队，渡良瀬佑介二佐与花谷陆尉深入调查，发掘到了是陨石坠落本·斯蒂勒　　五天后，事件的原凶开始现身，札幌市地下铁的电车在隧道内被不明生物攻击，北海道札幌市的薄野出现庞大植物，庞大植物窜出一群体长3m，类似昆虫的甲壳类生物。　　怪虫(Legion)与植物是与流星一...

　　1999年，长峰博士在赤道附近发掘了加欧斯的变异种，同时候在日本西南方的海中发掘了卡美拉的墓场拉尔夫·费因斯　　时间回到1995年的东京，因为加欧斯来袭，比良坂绫奈一家人准备离开东京，此时卡美拉受到加欧斯的攻击而落下，在卡美拉起身时破坏了绫奈的家，而绫奈的父母来不及逃出。目睹父母身亡的绫奈，从此开始憎恨卡美拉....　　时间再拉回到1999年，居住在乡下亲戚家的绫奈饱受同学的欺负...