X档案关闭后，穆德（David Duchovny 大卫•杜楚尼 饰）和斯科莉（Gillian Anderson 吉莲•安德森 饰）被分开。穆德受命执行监听工作，斯科莉则回到学院读书哈里森·福特　　某日国会议员麦特森（Raymond J. Barry 饰）向穆德透露一条消息，称在波多黎各接收到外星人的电讯。为了在特种部队之前找到外星人的证据，穆德只身前往。得知消息的斯科莉赶到穆德住...

　　The continuing search for Jeremiah Smith leads Scully to uncover encrypted data files whose purpose is not yet known. Being closely hunted by an unknown assassin, Jeremiah leads Mulder to a secluded...

　　继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，...

　　在电影FTF里出现的变种alien从一个基因技术研究公司的员工肚子里钻出来逃跑了。Mulder和Scully找到了Gibson，他带Mulder去找那个alien。Scully证明出Gibson可能是外星人（所有人类都可能是）。X档案现在由Spender和Fowley主管。Gibson最后又不见了肖恩·康纳利...

　　Mulder在医院被Fowley监管着。他想办法请来了Skinner和Kritschgau来帮忙，他们了解到Mulder拥有了CIA一直在研究的读心术。Scully在象牙海岸寻找治愈Mulder的办法。Mulder的病情加重了罗宾·威廉姆斯...

　　穆德（David Duchovny 大卫•杜楚尼 饰）被外星反叛者劫持，而斯科莉（Gillian Anderson 吉莲•安德森 饰）亦同时发掘自己怀有身孕。穆德的办公室被搜查，斯科莉请求Skinner（Mitch Pileggi 饰）帮助寻找搭档，孤枪侠也参与进来。FBI高层则派出探员约翰•多格特（Robert Patrick 罗伯特•帕特立克 饰）协助调查，但两个人的初次会面不欢而散成龙　...

　　FBI Assistant Director Walter Skinner is the prime suspect in a homicide involving a woman he was with the night of her death. Mulder and Scully are all he has to prove his innocence, as superior of...

　　一名英国的考古学家研究圣经数十载，他认为自己找到了罪恶之城所多玛与蛾摩拉的所在地。出土的陶器碎片，显示这里曾经发生了威力极大的爆炸事件。这些罪恶之城是否真的存在？它们又在何处？此外，节目还介绍了伏尼契手稿，这份十五世纪的文件中所记录的图像与文字，连全球顶尖密码高手也无法破译。伏尼契手稿中究竟有什么样不为人知的秘密凯文·斯贝西...