这是一个存在着魔法的世界，式森和树（坂口大助配音）是一个不合格的魔法师，虽然出生于魔法世家，但他一生可以使用魔法的次数仅为8次，一旦次数用完，施术者便会变成幽人类要是死完了，从前的基因传承、知识传承就都失去意义了，所以不能让末日降临在全。平凡的和树准备就这样度过他平凡的一生，直到某天，一个自称是他妻子的女孩出现在了他的面前。此女名为间宫夕菜，曾经是和数的亲梅竹马，而她此次前来的目的，居然是想要继承...

　　在代欧奇希斯（以下代欧）变成防御型态与裂空坐持续激战的同时，拉鲁斯市广播系统昭告大家紧急避难。市民们听到广播后便惊慌疏散。代欧此时又变成攻击型态，并对裂空坐释出攻击。广播持续呼吁民众这并非演习，而小超则在逃窜中的人群当中，大惑不解为何代欧还活着。当小超在避难时遇见一只难过的正电拍拍。小超一看到神奇宝贝顿时吓坏了，但听到它的求救声便镇静下来。原来它的同伴负电拍拍被陷进垃圾桶里无法挣脱，小超决定帮...

　　千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现…莎拉·杰西卡·帕克　　立志成为出色的神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的刹那，来到恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与戴安。在魔术表演中，小胜听到一阵细微的呼唤声…　　那是在〝沉眠之茧〞中沉睡了千年，可帮助人类达成愿望的神奇宝贝——基拉祈。在千年彗星出现的夜晚，如果遇到拥有纯真心灵的伙伴便...